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适用的目的不尽相同

保证合同适用的惟一目的是担保债权的实现，除此无任何存在价值。而保证保险合同作为一种保险手段，则是以降低违约风险和分散风险为目的。
“有能力履行保证义务”，这不仅是指保证人必须达到一定年龄具有民事行为能力，而且保证人对被保证人有一定的影响力以及保证人的身体状况能使他完成监督被保证人行为的任务等等。假如保证人说的话被保证人根本就不听，保证人卧病在床对被保证人是否遵守取保候审义务无力监督、督促，或者保证人长期在外经商对被保证人的行为无暇顾及等等，都很难说保证人“有能力履行保证义务”。因此，是否有能力履行保证义务需要综合判断，而绝不能仅凭保证人本人说是否有履行保证义务的能力。
合同的内容不同

保证合同是典型的单务无偿合同，其内容由债权人的担保权利和保证人的保证义务构成。当主债务人不履行债务时，债权人有权要求保证人履行保证义务，保证人应当依约定履行所承担的保证义务。保证人除在一般保证中享有先诉抗辩权外，在保证合同中不享有任何权利。保证保险合同则是双务有偿合同，其内容主要是由投保人交纳保费的义务和保险人承担保险责任构成。

实践中有一种情况，就是保证合同约定的保证期间长于主债务合同的诉讼时效，比如保证合同约定的保证期间为三年，对于一般保证而言，如果主债务合同不存在诉讼时效中止或中断的情形，在主债务履行期满的二年以后三年以内，虽然还在保证期间内，但是保证人完全可以以主合同债务诉讼时效期间已过为由，抗辩债权人要求履行主合同债务或保证合同债务的请求，较终免除保证合同债务。在约定保证期间时应对此予以注意。
“与本案无牵连”，即与犯罪嫌疑人、被告人所涉嫌的案件没有任何牵扯，即保证人不能是本案的同案犯，也不能是本案的证人，否则，因其本身也是**机关调查的对象，就难以保证其认真履行保证义务。
保外就医是指被判处无期徒刑、有期徒刑或拘役的罪犯因患有严重疾病，经有关机关批准取保在监外医治。保外就医是监外执行的一种。

运行方式不同

保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。
主体不同

保证保险合同的主体是债权人和保证人，其中对保证人的资格，除了法律禁止作保证人的情况以外，担保法未予以过多的限制，仅是一般性的规定了应具有代偿能力。保证保险合同的主体包括投保人、被保险人和保险人。其中，投保人和被保险人同时就是买卖合同(或者贷款合同)的买方(或借款方)和卖方(或贷款方)，保险一方必须是依据保险法取得经营保证保险业务的商业保险公司。